De hecho podrían ser los únicos imputados de los cinco aforados que van a ser investigados por el Tribunal Supremo en la subtrama denominada ya de la "ideación" del sistema de los ERE. De este modo, Griñán y Viera serían los grandes "paganos" de un caso ERE que dejaría a Manuel Chaves y a Gaspar Zarrías, los máximos responsables de la Junta en el momento de la puesta en marcha del sistema, al margen de las imputaciones. La razón de esta posibilidad es que en ambos casos hay pruebas documentales que les perjudican.
En el caso de José Antonio Viera porque fue firmante del ya famoso Convenio entre la entonces Consejería de Trabajo, de la que era titular, y el Instituto de Fomento de Andalucía, luego agencia IDEA y entonces parte de la misma Consejería, para transferir dinero de un departamento a otro según se dijo para agilizar los procedimientos de las ayudas pero, de hecho, para impedir que la Intervención General fiscalizase las ayudas.
En el caso de José Antonio Griñán, por haber sido el destinatario de las advertencias emitidas por la Intervención General sobre la ilegalidad del sistema utilizado y por haber sido señalado por la Cámara de Cuentas en un famoso informe filtrado a los medios de comunicación como responsable de los ERE, junto con Manuel Chaves y todos sus gobiernos desde 2001.
La auditoría de la Cámara de Cuentas, impulsada por el propio Gobierno andaluz para dar muestras de su sinceridad en el procedimiento, se volvió contra el entonces presidente de la Junta, Griñán, y su antecesor en el cargo, Manuel Chaves, como a todos los altos cargos que tomaron parte en los Consejos de Gobierno que durante una década avalaron el método de las transferencias de financiación. Luego, la Junta consiguió que la Cámara de Cuentas emitiese otro informe en el que la responsabilidad de Griñán, Chaves y sus gobiernos fue borrada.
En los de Mar Moreno o Gaspar Zarrías, no hay documentos que prueben expresamente su participación en la ideación o consentimiento de los hechos aunque cabe la posibilidad de deducirla lógicamente dada su nivel de responsabilidad y el funcionamiento jerárquico de la Junta de Andalucía.
El origen del caso ERE reside en el Convenio Marco que quiso dotar a la Consejería de Empleo de un instrumento con el que poder seguir concediendo ayudas públicas discrecionales, obviando conscientemente que el cauce adecuado era el de la subvención excepcional conforme el artículo 103 de la Ley General de la Hacienda Pública. Según la instructora Mercedes Alaya, la auténtica finalidad no sería otra que evitar los severos controles que la Intervención General de la Junta de Andalucía imponía para las subvenciones, contempladas entre otras normas en el Título VIII de la mencionada Ley.
Según la juez en su auto de marzo de 2012, el imputado, sus superiores y las personas que colaboraron en la realización del Convenio Marco que permitía, frente a los controles habituales, un uso extraordinariamente abusivo en el manejo de los fondos públicos, pues al no existir controles y estar las citadas ayudas huérfanas del procedimiento legalmente exigible, podían regalarse las mismas fraudulentamente a un extensísimo grupo de personas físicas y jurídicas, cuyos privilegios procedían de ser personas o entidades próximas a los cargos de la Junta de Andalucía y del PSOE andaluz, bien por razones de amistad, parentesco, afiliación política u otro tipo de interés, actuación bien alejada de los propios principios de actuación de la Junta de Andalucía según el artículo 133 de su Estatuto de Autonomía que recoge entre otros el de servir con objetividad al interés general, el principio de eficacia, de racionalidad, de imparcialidad, de lealtad institucional, de buena fe, de protección de la confianza legítima de los ciudadanos y de no discriminación a los mismos. "Desde mediodía de hoy, se produjeron dos comparecencias del máximo interés para el caso de los ERE y las ayudas a empresas fraudulentas, cuyo importe asciende a más de 1.400 milones de euros".
En su comparecencia en la Comisión de Investigación del parlamento andaluz, José Antonio Viera no pudo justificar por qué la decisión de constituir tal fondo mediante el convenio marco de 2001 no tenía expediente administrativo alguno según la propia Junta de Andalucía.
José Antonio Viera tuvo que negar expresamente ser "el ideólogo" de los ERE falsos y responsabilizó a su subordinado, el director general de Empleo, Francisco Javier Guerrero, de las ayudas que investiga la Justicia. La concesión y el seguimiento de estas ayudas (millonarias en numerosas ocasiones) no se debatía en el Consejo de Gobierno, según Viera, quien aseguró que ni siquiera las comentó con otros consejeros pues "el día a día" lo llevaban viceconsejeros y directores generales, testimonio que puede en el futuro beneficiar a otros aforados.
El Interventor General de Hacienda envió un informe, que advertía de la irregularidad del fondo de reptiles, en 2006 a la Consejería de Economía y Hacienda reclamando su "traslado" y "conocimiento" al entonces consejero José Antonio Griñán. Luego mandó otros 15. Griñán afirmó desconocer los informes y su consejera de Hacienda, Carmen Martínez Aguayo, le arropó afirmando que nunca se los trasladó. Pero Javier Arenas, líder del PP andaluz entonces, señaló que "es imposible e ilegal que su viceconsejera, hoy consejera (de Hacienda), no le trasladara informes que afectan a varios cientos de millones de euros. Si se demuestra que la Consejería recibió los Informes de Intervención para hacérselos llegar a usted le quedan dos salidas: o presentar su dimisión o el cese de la consejera por haber ocultado el Informe".
Está asimismo el documento "filtrado" de la Cámara de Cuentas en que sus auditores señalaban al propio José Antonio Griñán como uno de los responsables del entramado. Luego se supo que la Junta tenía conocimiento del fraude de los intrusos desde, al menos, 2004, por lo que su posición fue cada vez más insostenible.